关键词:
生物纳米技术
生物纳米反应器
纳米容器
蛋白质封装
自组装
摘要:
纳米技术的重点是纳米级结构的设计。纳米材料在工业、生物医学和环境领域的应用越来越重要。生物纳米反应器是一种模拟自然区域化的纳米材料,区域化即细胞的各种生物分子通常都限制在一定的区域内,不同区域负责不同的功能,如细胞的能量代谢主要是发生在线粒体内,蛋白质的合成则在细胞质内进行;而区域化对于隔绝有毒的中间反应物、提高反应效率及防止不同反应的相互影响等方面都起到了重要的作用。病毒、铁蛋白、细菌微室和某些酶复合物等的外壳是带孔的蛋白壳(称为衣壳)组成,其作为纳米级容器进行化学反应的潜力引起了人们的极大兴趣。这种纳米反应器通常含有能催化所需转化反应的酶。酶可以通过共价或非共价作用与蛋白质外壳内部结合以将其装载于蛋白壳内。酶装载之后将会有被调节活性的可能性。因此,了解酶在蛋白质衣壳内的限制如何改变其催化活性是有潜在的理论和应用价值。而在封装酶的过程中,有几种可能影响酶活性的方法。首先,衣壳内部与封装蛋白质的相互作用可能会影响封装蛋白质的本征动力学参数;其次,底物进入活性部位的扩散或产品释放到散装溶液中的过程可能受到衣壳上通道的影响;第三,在有些情况中,多酶同时被包封在同一个载体中,特别是在底物浓度较低的情况下,增加中间产物的区域浓度,这样的系统有助于连续反应的进行;最后,在某些情况下,酶的包封会影响其稳定性。总之,包封在酶活性调节中的作用是非常复杂的。每种情况都可能经历一些不同的机制,最终的效果可能会有所不同。自然选择区域化来减少副产物的形成,提高反应速率。通过构建工程化纳米反应器,研究其产物的独特特性及其对反应动力学的影响,有助于我们更好地理解自然。在不同的纳米颗粒中,蛋白质衣壳是单分散的,对于研究有限空间内的酶反应具有潜在的应用价值。现有许多天然纳米反应器。据报道,存在于许多细菌和古细菌基因组中的封装蛋白(encapulin)可组装成T=3(180个亚单位,30-32nm)二十面体中空衣壳的T=1(60个亚单位,20-24nm)。其封装肽标记的发现非常有趣。其壳蛋白最初是1994年由透射电镜发现的。通过观察蛋白质的高分辨率结构,发现了蛋白质。通过对encapsulin胶囊的晶体结构的研究,对其封装机理有了初步的认识。研究发现,少量的额外电子密度与包裹蛋白外壳的内部结合,这也与包裹蛋白外壳基因旁的一个短的C端蛋白质序列相对应。生物信息学分析证实了该C末端序列在其他物种中也存在。生化证据表明,在组装过程中,通过肽标记与衣壳疏水囊袋之间的结合来装载包囊蛋白。在发现了这种称为货物装载肽(CLP)的肽标记后,对不同类型的包囊蛋白进行了鉴定。它们的大部分装载货物都是酶,在微生物的关键细胞过程中起着重要作用,如隔离毒性反应和作为特定的储存室。另一个著名的天然纳米反应器是细菌微复合物(BMC),它被认为是由酶核和选择性渗透蛋白壳组成的真核自组装细胞器,目的是限制气体底物,保护细胞免受有毒中间物的侵害,以及防止副反应。在这些BMC中,羧基体以其在卡尔文-本森-巴森循环中作为固定二氧化碳的重要作用而闻名。这种天然纳米反应器的形成是基于许多核心酶具有聚集和包含可与壳相互作用。工程纳米反应器常常利用病毒、细菌中发现的蛋白质外壳,以及通过计算技术设计的蛋白。豇豆绿斑驳病毒(CCMV)衣壳携带28纳米大小的RNA,已被很好地用来封装客蛋白。由于CCMV衣壳在pH7.5下可分解成90个二聚体,而在pH5.0下可形成衣壳,因此利用这一性质来封装辣根过氧化物酶(hrp),实验研究了衣壳携带的一种酶的活性,结果表明衣壳对底物和产物都具有渗透性。开发了另一种方法通过使用一个小的异二聚体卷曲线圈蛋白作为非共价锚,在CCMV衣壳中携带多个蛋白质,一个带正电荷的线圈连接到衣壳蛋白,另一个则连接到客蛋白。基于这种方法,使用CCMV衣壳携带多功能酶Pseudozyma lipase B(PalB)。该实验表明,包封的PalB比非包封的PalB更有效地转化底物,并显示了在衣壳的受限空间中进行级联反应的潜力。含RNA的噬菌体MS2衣壳是一个二十面体球体,由180个相同的蛋白质单体组成,平均直径为27纳米。它的单体可以独立表达,然后组装成病毒样的空衣壳,很容易去除大肠杆菌中的基因组RNA。MS2被设计成两个酶封装系统,通过在货运酶和改性MS2衣壳内表面形成共价结合,形成靛蓝生物合成途径。这导致体内靛蓝产量的增加,并与体外游离酶相比,提高了货运酶的长期稳定性。噬菌体Q与MS2相似,也是一种二十面体病毒样颗粒,由180个称为外壳蛋白的亚单位组成。菲德勒等将其RNA基因组中的发夹结构与CP内部残基之间的高亲和力相互作用特性应用于针对不同酶与发夹结构融合到噬菌体Q的衣壳中,最终表明该方法为利用脆弱或难纯化酶的活性提供了一种通用的方法。噬菌体P22通过定向自组装封装一种活性产氢和耐氧氢化酶。通过利